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如同其他八旗亲贵一样，顺治皇帝自小形成了纵情声色的恶习，好色淫纵，即使在结婚之后，“人们仍听得到他在道德方面的过失”（传教士汤若望）。不过，自遇到董鄂氏后，顺治皇帝突然起了惊人的变化，恶劣脾性大为收敛。他仰慕汉族文化，而五位蒙古后妃均目不识丁，彼此自然没有什么共同语言。董鄂氏却“不用金玉，诵《四及《易》”，又精通书法，与顺治皇帝志趣相投。顺治十三年（1656）八月二十五日，顺治皇帝力排众议，册封新入宫的董鄂氏为贤妃。当年九月二十八日，即晋为皇贵妃。才一个月的功夫，董鄂氏便由妃子升为地位仅次于皇后的皇贵妃，升迁速度之快，史所罕见。不仅如此，当年十二月初六，顺治皇帝还特意为董鄂氏举行了隆重的册妃典礼，并下诏大赦天下。终清一朝，这是唯一一次因册立皇贵妃而大赦天下的例子。
这批命运多舛的举子中，就有之前提到的江南才子吴兆骞。他跟方章钺一样，参加了顺治十四年丁酉科江南闱乡试，并顺利中举。本来江南闱发榜后，满城风雨，关于主考官通同作弊的谣言满天飞，一些考生还趁机闹事，但吴兆骞本人自负才高，兼之顺利登榜，也没有太把这些流言当回事。倒是他的好友尤侗愤愤不平，写了一出《钧天乐》的杂剧，影响极大，连远在京城的顺治皇帝都找来《钧天乐》的刊刻本认认真真地读了。后来方章钺被刑部派员役逮往京师，吴兆骞一度忧心忡忡，但那也是出于对朋友的关切，完全没有想到自己也会卷入其中。因而，当如狼似虎的官差来逮捕他时，虽是复试的名义，他却不由得不惶惶然了。
由于顺治皇帝要亲自复试，江南举人都要被押往京师，吴兆骞也在被押送北上之列。此时正是初春季节，草长莺飞，尤其对从未到过北方的吴兆骞来说，是难得的经历。可惜，在刀棍之下，前途未卜，再美的风景也无心欣赏。半路上，他写了一首诗：“自许文章堪报主，哪知罗网已摧肝。冤如精卫悲难尽，哀比啼鹃血未干。”语调委屈凄楚，怅恨报主无门。正是因为这首诗，吴兆骞的人格后来受到了怀疑。
江南举子到达京师时，两江总督郎廷佐的调查结果也出来了，一共举报了八名举子“显有情弊”，其中包括方章钺在内，不过并没有吴兆骞。顺治皇帝立即下令逮捕这八人。但有个名叫程度渊（出自著名的安徽徽州歙县槐塘程氏，程氏既是当地望族，也是富甲一方的盐商）的举子在逃，大概是确实有作弊事实，情知不妙，已经抢先逃走。
三月，顺治皇帝照顺天闱的例子，亲自复试了江南举人。这次地点不是太和门，而是瀛台，顺治皇帝亲出的考题就叫《瀛台赋》。瀛台位于西苑中海之中，明朝时称南台，清朝顺治时因其三面临水，如海中仙岛，改称瀛台。此处波光荡漾，垂柳依依，风光迷人。然而，参加复试的举子却一个个失魂落魄、战战兢兢。也难怪如此，复试的环境极好，复试的氛围却极度压抑。清人李延年在《鹤微录》中描述说：“试官罗列侦视，堂下列武士，锒铛而外，黄铜夹棍，腰市之刀，悉森布焉。”而每名举子身边还各有两名护军监视，持刀相向，如临大敌。这哪里是复试的样子，分明是要兴师问罪，是以与试的举人无不吓得“栗栗危惧”。
瀛台复试结果，武进举人吴鸣珂成绩优异，被取为第一名（解元），准予参加当年的会试；汪溥勋等七十四人通过考试，仍准做举人，但不得参与本科会试；史继佚等二十四名，也算通过考试，准做举人，但“罚停会试两科”，要到六年以后才能再次参加会试；方域等十四人因文理不通被革去举人功名。本来诗名已经传遍京城的吴兆骞则再次声震京师，这次不是因为他的才华，而是因为他竟然在瀛台复试中交了一张白卷。
以及进士出身的知县，也同时被革职，结果相关县地的衙门为之一空。两江总督郎廷佐接到圣旨后自然不敢怠慢，联同漕运总督亢得时，迅速展开了调查。又听说京城同考官李振邺等人已经掉了脑袋，更加惶恐不安，唯恐祸及己身。在这样的前提下，郎廷佐能查到事实真相还好，查不到事实真相势必要找出几个替罪羊来。
詹事方拱乾无辜受此牵连，倒也没有惊慌，因为他自己很清楚，阴应节的奏疏不过是凭白诬陷之词，因此明白地声辩说：“臣籍安徽，与主考方猷从未同宗，故臣子章钺不在回避之例，有丁亥、己酉、甲午三科齿录可据。”
方拱乾父子作为壮年新进的书生，不仅对党争的残酷性知之不深，对当时的时局也没有清醒的认识。清朝以异族入主中原，对汉人士族十分警惕。多尔衮执政时，对汉人大臣一向采取猜疑、压制的态度。前面提到的南北党争中南方大臣陈名夏、龚鼎孳与北方大臣冯铨争斗，多尔衮公然庇护名声很坏的冯铨，就是因为冯铨是最早剃发留辫的汉人大臣之一，远比陈名夏、龚鼎孳对清朝更为忠心耿耿。
不过，多尔衮死后，顺治皇帝亲政，立即一改多尔衮的政策，对笼络依靠汉人大臣表现出异乎寻常的热情。顺治九年（1652）四月，顺治皇帝在一道谕旨中宣布，为防止诸王公大臣因循怠玩，允许满汉官吏互相参劾对方的玩误之处。次年六月二十七日，他又提出，内三院为机密重地，事务殷繁，应选举贤能之人任职，并特别指明每院应设汉官大学士二员。到顺治十一年（1654），十七名大学士中只有两名满人，其余都是汉人大臣，直接参与了制定政策、发布政令等国家大事的处理。顺治皇帝还突破了汉人大臣不得掌印的陈规。顺治十二年（1655）八月，都察院署承政事固山额真卓罗奉命出征，顺治皇帝即命汉承政龚鼎孳掌管部院印信。之前，部院印务向来由满人大臣掌管，正官公出时，则由次官代理，从未有汉人掌管印信，以致龚鼎孳接到任命后吓得不轻，战战兢兢地上疏恳求撤去这一任命。但顺治皇帝未予接受，坚持要龚鼎孳接管印信。
表面上看起来，自顺治皇帝掌权，汉官的地位显著提高了，但这起初不过是少年皇帝刻意要表现得与他所痛恨的多尔衮不同，之后则是为了统治的需要。在年轻皇帝的骨子里，对汉人大臣的戒备和警惕并未比多尔衮减轻多少。顺治登上皇帝之位并不是必然，而是多方政治势力复杂斗争和相互妥协的结果。他幼年即位后，都是其叔多尔衮在殿堂上发号施令。其母孝庄太后有男人般的雄才大略，为了避免儿子受到多尔衮猜忌，多次教育顺治皇帝要韬光养晦，在这样环境下长大的皇帝，心理压抑，脾气暴躁，性好猜忌，后来一旦掌权，则任性得一发不可收拾。他喜欢汉人服饰，喜欢汉人文学，也大力提拔汉人文士，但这并不代表他就此信任汉人。
关于惊才绝艳的江南名士吴兆骞为何会交白卷，时人说法颇多。有人说吴兆骞恃才傲物，不满清廷所为，不愿意在刀棍威逼下为文，故意如此。还有人说吴兆骞并没有那份傲骨，他其实是真的被吓倒了，所谓“书生胆小当前破”，刀枪环顾下，惊魂不定，“战栗不能握笔”。但无论如何，一张白卷，令吴兆骞被认定当初乡试时有请托作弊的嫌疑，迅即“享受”到与方章钺等八名被举报有作弊行为的举子同等待遇，被逮捕下狱，交给刑部审讯。
江南举人复试告一段落后，顺治皇帝于四月了结了顺天科场案，将四十名已经判了死刑的案犯改为流徙尚阳堡。传说顺治皇帝此举有为重病中的爱妃董鄂氏祈福的意思。
关于董鄂妃的身世来历，有许多说法：有人说她就是秦淮名妓董小宛，被掳进宫，为掩人耳目，冒称为董鄂氏；而其夫江南名士冒襄为免杀身之祸，不得不诡称董小宛已经病死。也有人说她本是旗人，为顺治皇帝之弟襄亲王博穆博果尔的福晋。
不论真实情况如何，姿容绝代的董鄂氏自入宫后便宠冠后宫，顺治皇帝的五位蒙古后妃全部失宠，这当然引起了孝庄太后的警惕。孝庄太后出身蒙古王族，满蒙联姻素来是清朝加强与蒙古关系的关键纽带，顺治皇帝的第一位皇后便是政治联盟的产物，为孝庄太后的亲侄女（蒙古科尔沁卓礼克图亲王吴克善女）。但结婚仅两年，顺治皇帝便不顾母亲面子上难堪，以夫妻二人志意不协调为由，坚持将皇后降为静妃，改居侧宫。此谕旨下后，北方大臣核心人物冯铨和南方大臣首脑陈名夏难得地采取了相同的口径，相继上疏，表示皇后“母仪天下”，关系甚重，不能轻易废弃，恳请顺治皇帝深思详虑，慎重行动。他们还举例说：汉光武帝、宋仁宗、明宣宗虽然都是贤主，但均因废掉皇后而受到批评。结果，顺治皇帝接到奏疏后勃然大怒，声言自己此举是废掉无能之人，严厉斥责上疏大臣不关心国家政务，反在无益之处沽名钓誉，“甚属不合”。尽管有孝庄太后和蒙古王族的支持，诸大臣还是未能说服顺治皇帝，他的任性、偏激、妄为由此可见一斑。
顺治皇帝是清朝入关后第一位统治中原的皇帝，他幼年即位，受到母亲孝庄太后的严格管教，而朝政大权长期为其叔摄政王多尔衮把持。顺治皇帝成了摆设不说，还不得不有意纵情于嬉戏游乐，以为韬晦之计，避免受到多尔衮的猜忌。在这样险恶政治环境下长大的顺治皇帝，心理极为扭曲压抑。多尔衮病死后，他终于取得了大权，立即表现出暴躁刻薄的性格，开始恣意妄为，完全凭自己的意志决定许多事情，全然不为大臣的意见所左右。
举例而言，之前提到过，汉人高官陈名夏被杀的引子是顺治皇帝喜欢明朝衣冠，被杀的原因是南方大臣党争失败。这不过是表面现象。当时，南方战火纷纷，南明李定国正攻打广东，沿海一带的郑成功也蠢蠢欲动，打算联合南明抗清作战。在这样的局势下，陈名夏看到顺治皇帝喜欢明朝衣服后，随口说了句“留头发，复衣冠，天下即太平”，便立即勾起了顺治皇帝深藏于心的警觉，杀机立现。实际上，陈名夏之死是顺治皇帝猜疑汉人大臣的一次公然展露。而在汉人大臣中，因南方陷落较晚，尤其是清军在江南遭到激烈的抵抗，一手炮制了“扬州十日”、“嘉定三屠”等诸多惨剧，深遭江南士民怀恨，因而较之北方大臣，清廷对南方大臣更不放心。这就是为什么在清初多次南北党争中，北方派屹立不倒、南方派多遭惨败的根源。
江南闱案发时，南方尚不稳定，沿海郑成功、张煌言等抗清势力依旧活跃，而江南士子与他们有着盘根错节、千丝万缕的联系。在这样的背景下，无论顺治皇帝之前是何等欣赏方拱乾、方玄成父子的文学才华，只要有更大的利益可图，一时的优遇瞬间就能化作尘土。正因为如此，尽管方拱乾有凭有据作了辩白，但其子方章钺还是立即被刑部逮捕，锁链加身，从江南踏上了前往京师受审的路途。其实到了这个时候，人们应该已经可以看到，无论江南新进举人是不是真的作弊，部分人的结局必将是悲惨的。江南历来为财赋重区，“江南安，天下皆安；江南危，天下皆危”。尤其是清朝初年，天下甫定，皇帝需要严厉惩治，杀一儆百，一是警告那些敢与抗清势力有关联的江南人士，二是警示、驯服所有的汉族士子。刚好，北方大臣刘正宗发动的新一轮荼毒南方士子的党争完全遂了他的心愿。
转眼到了顺治十五年（1658），先是正月十五日顺治皇帝亲自主持顺天闱中举考生复试，取中一百八十二名，只有八人因文理不通被革去举人。正月二十四日，顺治皇帝最宠爱的皇四子病死，出生不足百日，连名字都还没有来得及取。眼见爱妃董鄂妃悲痛欲绝，皇帝的目光一下子变得呆滞了许多。
到了二月，朝廷大员陈之遴等人结交通贿大太监吴良辅（在协助顺治皇帝肃清多尔衮亲党势力的过程中起了重要作用）东窗事发。顺治皇帝鉴于明朝太监擅权亡国的教训，曾设立铁牌，宣称太监如有犯法干政、窃权纳贿、嘱托内外衙门、交结满汉官员、越分擅奏处事、上言官吏贤否者，即行凌迟处死，决不姑贷。陈之遴因此被立即革职，家产籍没，与父母、兄弟、妻子一起被流放盛京，之后死在戍所。而吴良辅作为此案的核心人物，犯了太监干政的大忌，不但受到顺治皇帝庇护，没有被凌迟处死，还恩宠不衰，继续作威作福，后来更是作为心腹代替顺治皇帝出家为僧。由此可见，南方大臣陈之遴的倒台不过是一场有计划的阴谋，既是北方大臣刘正宗等人从中推波助澜，也有顺治皇帝本人的意愿在其中。陈之遴走了，朝廷再没有人能出面为南方士子说话。
就在这个时候，掌河南道御史上官（崇祯十六年进士，山西翼城人。《清史稿》中记为上官铉，实为误作）奏参江南同考官舒城县知县龚勋出考场后曾被考生羞辱，事情可疑。又上奏说：“江南新榜举人，啧有烦言，应照京闱事例，请皇上钦定试期，亲加复试。”顺治皇帝立即批准，打算复试江南举人。但此时参加江南乡试的举子大多已经回乡，于是各府县出动人马，到处拘索，扰攘四方，动静极大，很是费了一番工夫。这些已经金榜题名的江南举子，“师生牵连就逮，或就立械，或于数千里外锒铛提锁”，刚刚还志得意满，转瞬天降横祸，“家业化为灰尘，妻子流离”。