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已经被免职的张伯行倒是依旧无所畏惧，又上了一道奏折，说：“科场舞弊只惩从犯，不惩首恶，难抚江南人心。朝廷王法不治枉法封疆大吏，此风若长，大清朝刑律将名存实亡。我张伯行革职事小，朝廷安危事大，请陛下再派贤臣重新审理。”
康熙皇帝看了三审的结论和张伯行的奏章后很是感叹，说，“张伯行居官清正，天下之人无不尽知，允称廉吏，但才不如守，果系无能。噶礼虽才具有余，办事敏练，而性喜多事，并未闻有清正之名。伊等互参之案，皆起于私隙，听信人言所致，诚为可耻。”但他也知道科场案到了这个时候，已经完全变成了满汉大臣之争，即使再追究，也不会有什么结果，所以没有应张伯行的要求再派钦差审理，只是下令九卿、詹事、科道就穆和伦等所审的结果进行讨论，这就是所谓的四审。
四审之前，康熙皇帝特意召见相关官员，说：“伯行居官清廉，噶礼操守朕不能信。若无伯行，则江南必受其削几半矣。此互参一案，初遣官往审，为噶礼所制，致不能得其清；再遣官往审，与前无异。尔等能体朕保全清官之意，使正人无所疑惧，则海宇升平矣。”（《清史稿》）然而，议奏的结果是：噶礼、张伯行二人不思和衷协恭，互相讦参，有失大臣体统，都应撤职。最后还是康熙皇帝下旨：噶礼著革职，免于严查深究，由漕运总督赫寿接任两江总督；张伯行著革职，但留任江苏巡抚。这样，这桩轰动一时的江南科场案最终以互参案了结。
而本已经被从轻处理的噶礼并没有就此安分守己，他恼怒母亲曾经在皇帝面前替张伯行说话，与弟弟色勒奇、儿子干都勾结，暗中在母亲的食物中下毒，想害死母亲。东窗事发后，被怒其不争的康熙皇帝赐令上吊自尽，色勒奇、干都也被斩首。
又传说噶礼自尽时向监绞官行贿，因此还没有气绝就被放下来装入了棺材。噶礼躺在棺材里等了半天，也不知道时日，实在不耐烦了，便开口问道：“我可以出来了吧？”谁知道监绞官还没有走，棺材周围还有一些人，看到噶礼突然坐起来，无不骇然。监绞官生怕受贿事泄，于是上前一斧将噶礼劈倒，连同棺材一起烧了。
即充军新疆，于押解途中染病身死，并有当地县衙的文书为证。
不管陈天立是自杀还是他杀，李奇是病死还是被害死，最直接的结果就是造成了死无对证的局面，一切对噶礼不利的证据都消除了。但江南士民人心不服，开始聚众闹事。有人在闹市传唱歌颂张伯行的歌谣，四处张贴揭帖，到各衙门投递呈文，要求张伯行留任。也有人贴出文章为噶礼抱不平，并将噶礼大门用砖石堵住，不准他交还总督印信。双方支持者你来我往，煞是热闹。
曹寅将陈天立自杀一事密奏康熙皇帝后，康熙皇帝朱批道：“众论瞒不得，京中亦纷纷议论，以为笑谭。审事也不是这样审的理，但江南合省都甚没趣了，想比（必）满洲恨不得离开这差才好。”于是密令安徽巡抚梁世勋暗中调查陈天立的死因。几天后，安徽巡抚梁世勋汇报说，江南刑狱官员，上自臬司，下至州县提点刑狱，均为噶礼亲信，封锁消息密不透风，证人陈天立之死因难以查明。言下已经暗示噶礼与证人之死脱不了干系。
不久，张鹏翮、赫寿二次审案的结果就出来了：科场一案，副主考官赵晋，同考官王曰俞、方名及所取士子吴泌、程光奎交通关节，夤缘贿卖，应按科场舞弊律论罪；张伯行生性多疑，随便“诬告”噶礼，造成江南人心浮动，应当撤职，拟徒准赎；噶礼与张伯行“互参”，有失体统，应降一级留任。
这个调查结果与康熙皇帝之前的基调完全一致，除了对张伯行稍微严厉了些，其余的处理差不多正是他想要的。然而，就在他要下令结案的时候，突然出了一点意外。康熙皇帝到后宫去给孝惠章皇太后（顺治皇帝的第二位皇后）问安时，刚好遇到了他的乳母――也就是噶礼的亲生母亲。康熙皇帝一时感慨，询问噶礼到底与张伯行有何个人私怨。不料噶礼母深明大义，不但揭发了噶礼贪污受贿的行为，还主动替张伯行辩护。噶礼母的态度对康熙皇帝的态度产生了决定性的影响，他后来很是动容地说：“其（噶礼）母尚耻其行，其罪不容诛矣。”（《啸卒杂录》）
康熙五十二年（1713）正月二十六日，江南科场案中最后处置结果下达。相关人物安徽巡抚叶九思已经病故；副主考赵晋，同考官句容知县王曰俞、山阳知县方名斩立决；举人吴泌、程光奎，合谋者俞继祖绞监候，秋后处决；主考官左必蕃失察革职；请人代笔者徐宗轼、夹带作弊者席照一并枷责。
然而，奇事还没有结束。赵晋在处斩的头一天，忽然在狱中病死。一时间，谣言哄传。有人说赵晋是上吊自杀了；有人说赵晋好友王式丹杀死一名乞丐，将尸体藏在肩舆（轿子）中，入狱探望时偷梁换柱，以死丐冒充赵晋，而赵晋本人则攀着绳子逃出大狱；还有人说那具尸体就是王式丹的仆人张大。
此时，曹寅的密奏再次送到，说“此案亦有未妥，人心不能悦服”，张鹏翮如此潦草了局，在江南声名大损，人人说其糊涂徇私，而其人竟然不等案情了结，便已经动身前往福建，导致扬州民心不定，议论纷纷。康熙皇帝感到如果按照二审的结论结案，尤其是只处置清名在外的张伯行，而放任胡作非为的噶礼，实在难以向江南民众交代，于是下诏斥责张鹏翮等人“掩饰和解，瞻徇定议”，下令撤换张鹏翮、赫寿，而改派户部尚书穆和伦、工部尚书张廷枢前往江南，令其务必严加审明。
到了这个时候，前往江南的钦差要调查的重点已经不是科场案，而是督抚互参案。康熙皇帝的本意，只要保全张伯行，大致处罚一下噶礼，令江南人心稳定下来就了事了。然而，穆和伦、张廷枢却没有弄清“圣意”，也不愿意得罪噶礼和两位前任钦差。二人一到江南，不但不立即问案，还立即派人前去找张伯行说和，以噶礼“党众”为由，劝他向噶礼低头。但张伯行却依旧坚持己见，给了两位新钦差一个大钉子。
两位新钦差商量来商量去，最终决定大做表面文章――一连十几天，轮流提审科场案的人犯，煞是热闹，大有要明察秋毫、伸张正义之意。但结果一出来，还是叫人大失所望。
康熙五十一年（1712）十月初五，科场案案发一年后，穆和伦、张廷枢将三审结论奏上：主考左必蕃纵容舞弊，革职查办；副主考赵晋，同考官王曰俞、方名因受贿判斩立决；程光奎、吴泌等生员贿买考官，骗取功名，分别拟绞或枷责；两江总督噶礼卖举无迹，但审案不力，该受切责；江苏巡抚张伯行捕风捉影，诬劾朝廷重臣，当革职论处；噶礼参张伯行各款“俱实”，免议。
这一次的结果可谓煞费苦心，表面做足了文章，公开处置赵晋、王曰俞、方名等一干查有实据的考官、举子，为江南士子出了一口气。看起来，似乎比前任钦差要厉害得多，但在互参案上，一如他们的前任张鹏翮所奏，称噶礼与舞弊案无关，张伯行所参噶礼各款“皆虚”。