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大会强调，我国的政治体制改革不是改变社会主义的根本制度，必须坚持社会主义方向，通过消除具体制度上存在的弊端，使社会主义制度更加完善。政治体制改革不是削弱和取消党的领导，而是更好地改善和加强党的领导。在中国这样经济文化比较落后、人口众多的国度里，只有坚持中国共产党的领导和社会主义方向，才能保证社会主义安定团结和稳定发展。
中共十三大将政治体制改革的目标分为“长远目标”和“近期目标”，这表明，中共领导人已经充分估计到了中国政治体制改革的长期性和艰巨性。在中共十三大关于政治体制改革的思想指导下，中国的政治体制改革迈入了一个新时期。
这一阶段，在政治体制改革的实践方面进行的主要工作有：1987年全国人大通过了《村民委员会组织法（试行）》，迈出了基层民主实践的一大步；1988年，“以转变政府管理职能为关键”的政府机构改革启动，并开始起草《国家公务员条例》，同时开始进行党政分开的尝试；1989年，全国人大通过《中华人民共和国行政诉讼法》，使依法行政的法治意识开始形成。在这一时期，我国在加强人大立法权与监督权、改进选举制度、建立社会协商与对话机制等多方面都有所建树。
这一时期，在中共中央的带领下，全国掀起了探索政治体制改革的热潮，政治体制改革成为当时学术界、宣传理论界探讨、研究、宣传的最热点问题。有关政治体制改革的理论文章、研究报告、宣传辅导材料如隆冬的雪花一般，铺天盖地飞来，全国人民对政治体制改革表现出的热情是人们始料未及的。
第三阶段，中国政治体制改革的调整期，时间大约是从1989下半年到1996年。
1986年这一年在中国政治体制改革的进程中是非常重要的一年，这一年，中共中央成立了政治体制改革研讨小组，同时设立了工作机构――中央政治体制改革办公室，中国政治体制改革正式提上了党和国家的工作日程。1986年，邓老对政治体制改革作出了一系列重要论述，其中反复强调了政治体制改革的必要性和紧迫性。邓老指出：“政治体制改革同经济体制改革应该相互依赖，相互配合。只搞经济体制改革，不搞政治体制改革，经济体制改革也搞不通。”[7]他还讲：“现在看，不搞政治体制改革不能适应形势。改革，应该包括政治体制改革，而且应该把它作为改革向前推进的一个标志。”[8]“现在经济体制改革每前进一步，都深深感到进行政治体制改革的必要性。不改革政治体制，就不能保障经济体制改革的成果，不能使经济体制改革继续前进，就会阻碍生产力的发展，阻碍四个现代化的实现。”[9]“我们越来越感到进行政治体制改革的必要性和紧迫性。”[10]
1987年10月召开的中共十三大全面、系统地阐明了我国政治体制改革的总体设想。中共十三大勾画了改革蓝图，提出要建立高度民主、法制完备、富有效率、充满活力的社会主义政治体制，并对政治体制改革的紧迫性、目的、对象、原则、长远目标与近期目标等内容作了全面阐述。
中共十三大在政治体制改革方面的主要思想是：
1．政治体制改革的目的。
大会认为，政治体制改革的目的是为了在党的领导下和社会主义制度下更好地发展社会主义生产力，充分发挥社会主义制度的优越性，创造比资本主义更高更切实的民主。
一九八八年由于多年积累的因素，国内物价开始出现大面积、高速度、大幅度上涨。后来人们在对这一时期进行总结的时候认为，当时的领导层对这一情况的严重性显然估计不足，因为就在这同时，政府还准备加快物价改革步伐并开始公开宣传物价改革，宣传放开物价。这些引起了人的恐慌，从这一年的下半年开始，国内发生了挤兑和抢购风潮，并且愈演愈烈。挤兑和抢购，造成了储蓄的大幅度下降、物价更快地上涨，人民币大幅贬值，政府不得不多发票子。一场严重的通货膨胀由此而引发。通货膨胀对人民生活带来损害，造成人心不稳、社会不稳和政治不稳，再加上不断有“官倒”等腐败现象曝光，人民的不满变为激愤。在诸如此类的诸多原因的促成下，1989年春夏之交，中国国内发生了一场严重的政治风波，中国社会陷入建国以来仅次于“特殊时期”时期的混乱状态。
更令人不可思议的是1989年的国际局势。这一年，苏联和东欧各社会主义国家发生了严重的社会政治动荡，在后来的两、三年时间中，这些国家执政多年的共产党一个接着一个、争先恐后地下台，实行了多年的以共产党一党执政和计划经济为标志的社会主义制度也相继崩溃，有些国家甚至还出现了国家解体！更令人困惑的是，在不同的国家发生的这一切，居然时间上如此一致、行动上如此整齐、结果上如此相似！在如此短的时间中，世界两霸中的一霸、曾经是那样威风八面、不可一世、令人望而生畏的伟大的苏联国家，一眨眼就四分五裂、灰飞烟灭了；刚刚还如此气势雄壮、队伍整齐、所向披靡的社会主义阵营，转瞬间即土崩瓦解、踪影全无。人们一觉醒来后惊奇地发现，社会主义的世界大厦已经变成了一堆破碎的瓦砾。冷战的历史在这悲壮的喧嚣中结束了，一个全新的时代几乎是在所有人都毫无思想准备的情况下，说来到就来到了！世事真是难测啊！国际形势所发生的如此剧烈的变化，是谁也没有料到的。已经发生的情况使许多人毫不怀疑事件的多米诺效应，很多人都产生了这样的认识：在苏联东欧发生的事情很快也会在中国发生！因为中共与苏共、中国与苏联如出一辙，苏共与苏联尚且如此下场，一直步其后尘的中共与中国自然难逃此劫。后来的事实证明这种仅仅基于表面现象而完全没有接触到事情的实质的看法完全错了，其实欧洲发生的事情欧洲以外并没有发生。当然此是后话，在当时，不言而喻，苏联东欧发生的剧变确实使中国共产党受到极大震动。中国共产党面临严峻的考验。
面对这样的局势，执政的中国共产党
2．政治体制改革的目标。
大会规定，进行政治体制改革，就是要兴利除弊，建设有中国特色的社会主义民主政治。改革的长远目标，是建立高度民主、法律完备、富有效率、充满活力的社会主义政治体制。改革的近期目标是促进经济体制改革和对内对外开放，建立有利于提高效率、增强活力和调动各方面积极性的领导体制。
3．政治体制改革的原则。
大会指出，我国的政治体制改革，是上层建筑的一次深刻变革。这种变革既无经验，又无现成的模式可循，只能遵循党的实事求是，一切从实际出发的原则。从我国的国情出发，充分考虑我国仍处于社会主义初级阶段的经济、政治、文化等方面的特点，科学地设计改革的内容、方法和步骤。
4．政治体制改革的方向。