第12章
张翀疏称：“臣每过长安街，见嵩门下，无非边镇使人，未见其父，先馈其子，未见其子，先馈家人。家人严年，富已逾数十万，嵩家可知。私藏充溢，半属军储，边卒冻馁，不谋朝夕，而祖宗二百年豢养之军，尽耗弱矣。边防既隳，边储既虚，使人才足供陛下用，犹不足忧也。自嵩辅政，藐蔑名器，私营囊橐，世蕃以驵侩资，倚父虎狼之势，招权罔利，兽攫鸟钞，无耻之徒，络绎奔走，靡然从风，有如狂易，而祖宗二百年培养之人才尽败坏矣。”传策疏中，更列举严嵩坏边防、鬻官爵、蠹国用、党罪人、骚驿传、坏人才六罪。三人同日上疏，同样着重边防，很容易引起严嵩底猜疑。
严嵩看见吴时来、张翀，都是徐阶底门生，董传策是徐阶底同乡，认定有人主使。便一力在世宗面前挑拨。世宗不听，后来时来遣戍横州，张翀遣戍都匀，传策遣戍南宁，比杨继盛底惨祸，显然不同。徐阶底地位，已经逐渐提高了，对于他们，隐隐地成为保障。
这是后事，但是很可看出居正对于严嵩父子是怎样地应付。
正和居正所说的一样，翰林院是一个“敦本务实，以眇眇之身，任天下之重，预养其所有为”（文集六《翰林院读书记》）的地方。在这里他做过培养的工夫，也曾想到实际的事业。尽管别人当他一个文士看，但是他底个性，在书牍里，已有不少的流露：
中世以后，大雄之法，分为宗、教二门。凡今吾辈之所讲研穷究，言语印证，皆教也。若夫宗门之旨，非略象忘诠，真超玄诣，诓可易言。然宗由顿契，教可依通，譬之法雨普沾，随根领受。而今之学者，皆舍教言宗，妄意揣量，执之为是；才欲略象，而不知已涉于象；意在忘诠，而不知已堕于诠。此竖拳喝棒、狗子矢橛之徒，所以纷纷于世也。（书牍十五《答周鹤川乡丈论禅》）
近日静中，悟得心体原是妙明圆净，一毫无染，其有尘劳诸相，皆由是自触。识得此体，则一切可转识为智，无非本觉妙用。故不起净心，不起垢心，不起著心，不起厌心，包罗世界，非物所能碍。（同卷《寄高孝廉元谷》）
《易》所谓“困亨”者，非以困能亨人，盖处困而不失其宜，乃可亨耳。弟甚喜杨诚斋《易传》，座中置一帙，常玩之。窃以为六经所载，无非格言，至圣人涉世妙用，全在此书，自起居言动之微，至经纶天下之大，无一事不有微权妙用，无一事不可至命穷神。乃其妙，即白首不能殚也，即圣人不能尽也。诚得一二，亦可以超世拔俗矣。兄固深于易者，暇时更取一观之，脱去训诂之习，独取昭旷之原，当复有得力处也。（同卷《答胡剑西太史》）
学问既知头脑，须窥实际。欲见实际，非至琐细，至猥俗，至纠纷处，不得稳贴，如火力猛迫，金体乃现。仆颇自恨优游散局，不曾得做外官。今于人情物理，虽妄谓本觉可以照了，然终是纱窗里看花，不如公等只从花中看也。圣人能以天下为一家，中国为一人，非意之也，必洞于其情，辟于其义，明于其分，达于其患，然后能为之。人情物理不悉，便是学问不透。孔子云：“道不远人。”今之以虚见为默证者，仆不信也。（同卷《答罗近溪宛陵尹》）
居正底时代，恰是阳明之学盛行的时代。这一派底学问，融合儒家、释家底言论，而最后的目标是在事功方面的表现。居正所谓“本觉可以照了”，正是阳明学派底启示。但是他对于这一派的讲论，始终采取不妥协的态度。嘉靖三十二——四年间，聂豹在北京讲学的时候，居正直谓“近时论学者，或言行颇不相复，仆便谓其言尽不足信，是以孤孑迄于无闻。窃谓学欲信心冥解，若但从人歌哭，直释氏所谓‘阅尽他宝，终非己分’耳。”（书牍十五《启聂司马双江》）其后居正当权，禁止讲学，只是这个态度底演变。但是他说“信心冥解”，其实还是心学底学风。用这个学风治经，当然只有“脱去训诂之习，独取昭旷之原”。万历八年，居正答朱睦【木挈】论春秋云，“春秋本鲁史旧文，仲尼稍加笔削，盖据事直书，而美恶自见，非有意于褒贬也。自三传启穿凿之门，世儒袭见闻之陋，圣人记事之意，寖以弗存。所谓以小人之腹，度君子之心！”（书牍十二《答周宗侯西亭言春秋辩疑》）主张还是如此。
嘉靖三十七年，戊午，崇端王翊【钅爵】袭封，居正奉命到汝宁册封崇王。汝宁去江陵不远，居正便道回家，这是他最后一次看到他底父亲。万历六年三月居正上《再乞归葬疏》：“痛念先臣生臣兄弟三人，爱臣尤笃。自违晨夕十有九年，一旦讣闻，遂成永诀。”其言指此。在他回家的时间，依然免不了辽王宪【火节】底纠缠。《种莲子戊午稿序》，是一篇奉命的文章。序言“今年秋，以使归谒王，王手诗三册曰，‘此近稿也。’不佞受而读之”，可证。“种莲子”是辽王宪【火节】底别号。
就在这一年，严嵩和徐阶底斗争，逐渐具体了。嘉靖三十七年三月，刑科给事中吴时来、刑部主事张翀和董传策同日上疏，弹劾严嵩。时来疏称：
顷陛下赫然震怒，逮治偾事边臣，人心莫不欣快。边臣群軍朘军实，馈执政，罪也。执政受其馈，朋奸罔上，独得无罪哉！嵩辅政二十年，文武迁除，悉出其手，潜令子世蕃出入禁所，批答章奏，世蕃因招权示威，颐指公卿，奴视将帅，筐篚苞苴，辐辏山积。犹无餍足，用所亲万寀为文选郎，方祥为职方郎，每行一事，推一官，必先秉命世蕃而后奏请。陛下但知议出部臣，岂知皆嵩父子私意哉！他不具论，如赵文华、王汝孝、张经、蔡克廉，以及杨顺、吴嘉会辈，或祈免死，或祈迁官，皆剥民膏以营私利，虚官帑以塞权门。陛下已洞见其一二。言官如给事中袁洪、张璒，御史万民英，亦尝屡及之。顾多旁指微讽，无直攻嵩父子者。臣窃谓除恶务本，今边事不振，由于军困，军困由官邪，官邪由执政之好货，若不去嵩父子，陛下虽宵旰忧劳，边事终不可为也。（用《明史卷二一〇吴时来传》节录本）